영화 시작과 함께 야마토와 무사시가 치열한 전투를 벌이는 장면이 나오며, 마지막에 무사시가 야마토에게 선채를 들이받아 0거리에서 빔을 쏴 야마토를 격침시킨다. 야마토의 멘탈 모델이 물에 가라앉으며 그 위로 점수함들이 지나가는데, 이를 보고 야마토가 뭔가 말을 한다. 이후 화면이 전환되며 극장판 1편 추가장면인 무사시와 치하야 쇼조가 전 인류에게 항복 권고를 하는 장면으로 이어진다. 내용은 요약하자면 인류가 너무나도 미개해서 서로 다툴 줄 밖에 모르니, 자신들 안개가 지구의 지배자가 되어 인류를 관리하겠다는 내용으로 1주일의 시간을 주겠다고 한다. 군조는 갑자기 살아 돌아온 아버지와 그들의 선전 포고에 당황하지만, 선원들에게는 자신들의 목표를 달라지지 않는다며 안개의 총기함인 야마토와 직접 접촉하여 그녀를 설득해 볼 것이라 이야기한다.
자원이 많이 부족한 상태에서 아시가라와 나치의 협공을 받게 되지만, 해저에 매설된 메탄 하이드레이트를 폭파시키는 방법으로 그녀들을 뿌리치는데 성공. 이후 보급을 위해 브라디보스토크에 정박하게 된다. 이때 이오리가 군조와 이오나를 데이트 시켜주려고 둘에게 장을 봐오도록 부탁하는데, 군조가 잠깐 한눈판 사이 무사시의 멘탈 모델이 이오나 앞에 나타난다. 무사시가 이오나에게 접촉하자 이오나는 의식을 잃으며 야마토와 무사시의 기억이 흘러들어오는데, 사실 치하야 쇼조는 군조와 마찬가지로 인류와 안개의 공존을 바라고 있었고, 야마토와 무사시는 쇼조와 대화하기 위해 안개의 함선중 최초로 멘탈 모델을 만들게 된다.(이 둘의 멘탈 모델은 쇼조와의 만남을 계기로 탄생했기 때문에, 이때부터 둘은 쇼조를 "아버지"라 부르게 된다.)하지만 쇼조는 안개가 아닌 다른 동료 해군에게 총격을 당해 사망하게 되고 이에 충격을 받아 인간 불신이 된 무사시와 그래도 끝까지 인간을 믿어보려고 한 야마토가 대립하게 되어 초반 전투 장면으로 이어지고 결국 야마토는 무사시에 의해 격침당한다. 하지만 야마토는 마지막 남은 힘으로 마침 위를 지나던 무사시 휘하의 잠수함 l-401에게 자신의 마지막 남은 힘으로 멘탈 모델을 만들어주고 쇼조의 아들을 찾아가를 부탁을 하고 완전히 가라앉는다. 사실 잠수항모 정도의 연산력으로는 멘탈 모델을 만들 수 없으며 이때문에 이오나의 코어는 듀얼코어 상태였다. 이때 무사시가 이오나에게 그녀는 야마토의 인형이자 백업에 지나지 않으며, 이오나가 무사시를 만나러 오면 이오나 속에 잠들어있는 야마토가 다시 깨어나 이오나의 존재는 사라질 것이라는 얘기를 해준뒤 사라진다.
이후 기절해 있던 이오나를 군조가 발견해서 배로 데려오고 곧 눈을 뜨게 되지만, 무사시에게 가면 자신이 사라질지도 모른다는 불안감 때문인지 I-401의 대부분의 기능이 정지하고 사실상 안개의 배가 아닌 그냥 일반 I-401이나 다름 없는 상태가 되어버린다. 이오나는 무사시를 만났다는 얘기와 야마토가 무사시에 의해 격침당했다는 사실을 군조에게 알려주지만, 자신이 사라질 수도 있다는 얘기는 끝내 하지 못한다.
이후 배의 엔진을 끄고 조류를 따라 흘러가는 방법으로 안개의 학생회를 따돌리고 무사시가 있는 곳을 향해 가려고 시도하지만 나치의 탐색 능력에 걸려 결국 교전하게 된다. 하지만 이오나는 거의 대부분의 기능을 쓸 수 없는 상태였기에 큰 위기에 처하게 되지만 때마침 배를 수복하고 도와주러 온 타카오와 하루나에 의해 상황이 달라진다. 결정적으로 마지막에 콩고가 나타나 초중력포 사출구를 입처럼 벌려 히에이를 씹어버린다(덧붙여 이오나를 건드리면 자신이 히에이를 격침시킬 것이라며 얀데레 인증) 한심하게 이런데서 뭐하고 있는거냐는 콩고의 물음에 이오나는 군조에게 말하지 못했던 사실을 콩고에게 얘기하게 되고, 이에 콩고는 네가 사라진다 해도 자신을 포함한 모두의 기억속에서 살아있을 텐데 뭐가 문제냐고 답한다. 이에 뭔가 깨달음을 얻은 이오나는 모든 기능이 되돌아오고, 콩고, 타카오, 하루나가 학생회를 붙잡고 있는 동안 이오나는 풀버스트로 해역에서 탈출하고, 무사시와 조우하게 된다.
무사시는 이오나를 야마토가 침몰한 이곳에 똑같이 침몰시켜주겠다며 공격을 해오고, 이오나는 침몰되어있던 야마토의 나노머티리얼을 흡수하여 I-401과 야마토가 융합된 완전히 새로운 배로 재탄생한다. 이때 멘탈 모델 또한 이오나와 야마토의 인격이 섞인 듯한 모습으로 변해 무사시에게 너를 줄곧 가족으로써 사랑해왔으며, 계속 곁에 있어주지 못했던 것에 대해 사과한다. 하지만 무사시의 폭주는 그칠줄 몰랐고 마지막에는 무사시가 전개한 미러링 시스템을 역이용하여 무사시 아래쪽에 생긴 웜홀로 다이빙 한 뒤 다시 무사시 머리 위로 튀어나와 포탈을 내려찍으며 초중력포를 발사한다. 결국 무사시는 격침당하고 안개의 총기함이 된 이오나는 전세계의 안개 함선들에게 "앞으로는 자신의 의지에 따라 살아가라"는 마지막 명령을 전달한 뒤, 군조에게 지금까지 고마웠다며 작별을 고하고 이오나의 이름을 부르짖는 군조 앞에서 사라진다.
엔딩 크레딧이 다 올라간 후, 군조는 자신의 어머니 묘소로 찾아가 아버지를 데리고 돌아왔다고 전한다. 그리고는 비석 앞에 자신이 블라디보스토크에서 이오나에게 사줫던 브로치가 놓여있는 것을 보며 놀라고, 뒤돌아 카메라쪽을 바라보며 "어서와"라고 하며 영화가 끝난다.
설정
진동 어뢰
- 일본에서 개발한 대(對)안개의 함대용 병기. 물체의 고유진동 주파수에 공명하는 에너지를 발산해, 대상을 분자레벨로 붕괴시키 버리는 무기. 어뢰정급에 시험하여 성공했지만 강제 파동 장갑 돌파는 아직 불가능하다. 자원/공업력이 피폐해진 일본으로선 양산이 불가능해, 양산 및 개량을 위해 관련 인프라가 가장 건재한 미국으로 보내려 했다. 총 4번이나 시도했으나, 어뢰를 운송하던 SSTO들은 이송 도중에 태평양 해상에서 레이저로 안개함에게 남김없이 다 격추당하고, 결국 마지막 남은 1발과 데이터의 안전 이송을 위해 I-401을 통한 양동작전이 시행된다.
슈퍼 캐비테이션 어뢰
- 인류가 안개의 함대에 대항하여 사용중인 주력 병기지만 작중상 그냥 기준 어뢰 취급. 현실에도 존재하는 병기로 러시아의 최신형 로켓 어뢰 쉬크발이 그것이다. 그러나 안개의 함대에겐 전혀 통하지 않는다. 딱총 수준. I-401호는 침식 어뢰를 보조하는 미끼용 혹은 클라인 필드가 없어졌을때 마지막 일격을 가할때만 쓴다.
디자인 차일드
- 작중에 언급된 실험체들. 멘탈 모델에서 비릇된 기술이 적용된 듯 하며 현재 일본의 각 분야에서 은밀히 활약하고 있는 모양이다. 그중 한 명인 마키에가 탈출하여 키리시마와 하루나와 접촉한다. 소화기능이 사실상 없다시피 해서 식사후 여러 약을 복용해야한다.
어드미럴티 코드
- 안개의 함대가 찾고 있는 무언가이자 '잃어버린 칙령', 원작에서는 아직까지 무엇인지는 확실하지 않지만, 애니메이션판에서는 단순히 안개의 함대의 행동을 지배하는 최상위 행동강령의 의미가 되었다.
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